当分野では、生化学や分子生物学の研究で使用する分析機器や精製装置が設置されています。
また、実験スペースを確保できない講座や研究者に対し実験台やクリーンベンチ等の作業スペースを提供しています。
主な設置機器
- 遺伝子蛋白（6-105室）
- 次世代シークエンサー、リアルタイムPCR装置、マイクロプレートリーダー、蛍光発光画像化装置、ゲル撮影装置、分光光度計、サーマルサイクラーなど
- 培養室（6-105-1室）
- 安全キャビネット、クリーンベンチ、CO2インキュベーターなど
- 組替実験室（6-105-2室）
- 安全キャビネット、クリーンベンチ、振盪培養装置、オートクレーブ、超遠心機、高速冷却遠心機、フレンチプレスなど
- 遺伝子解析室（6-105-4室）
- DNAシークエンサー、蛋白精製装置など
利用について
- 【利用申請】
- ・利用申請書を提出してください（毎年・グループ単位※）。
・利用する機器の使用説明を受講してください（随時・全員）。
※同じ講座でも研究グループが違う場合は、それぞれ申し込んでください。 - 【利用料金】
- ・年間登録料は80,000円（医歯学以外120,000円）です※（グループ単位）。
・DNAシークエンサーの使用は別途料金が発生します（2,000円/1ラン）。
※登録グループには5名まで入室フェリカカードを貸出します。 - 【利用時間】
- ・フェリカカードをお持ちの方は24時間利用が可能です。
- 【注意事項】
- ・使用頻度の高い装置は、中央研究部門ホームページ上の機器管理システムで予約してからご使用ください。
・登録グループから離れる場合、利用の予定が無くなった際にはフェリカカードを返却してください。 - 【連絡先】
- 医歯学総合研究棟６階遺伝子蛋白室 内線4754
管理担当 栗山 武志 kuritake@med.hokudai.ac.jp
設置機器の紹介
遺伝子解析
次世代シークエンサー
MiSeq (illumina)
本装置は2 x 300 ペアエンドリードのキットを使用することで最大15Gbの塩基を決定することができるデスクトップ型次世代シークエンサーです。ゲノム断片やPCRで増幅したアンプリコン等の配列を決定することが可能です。同社から販売されている抽出キットを使うことで、ＤＮＡ断片化装置を使用せずにサンプル調製が可能になっています。
※試薬カートリッジおよび抽出キットは各講座でご用意下さい。
遺伝子解析
シーケンス解析用ソフトウェア
Genomics Workbench (CLC bio)
次世代シークエンサーより出力された、大量の塩基配列をデータベース等と比較してアライメントを行うことができます。
その他、RNAの二次構造予測、プライマーデザインエディター、蛋白質の3D分子表示および二次タンパク質構造予測などの機能があります。
遺伝子解析
DNAシークエンサー
Genetic Analyzer 3130 Avant (Applied Biosystems)
サンガー法で反応を行った試料の蛍光を読み取り塩基配列を決定するDNAシークエンサーです。
現在、５０cmのキャピラリー及びPOP７ポリマーがセットされており、4種類のサンプルを1時間で約700～800ｂｐ決定することが可能です。シークエンス反応および精製は各講座で行って下さい。利用には別途利用料金がかかります。
遺伝子解析
DNAシークエンサー
Genetic Analyzer 3100 Avant (Applied Biosystems)
現在、８０cmのキャピラリー及びPOP４ポリマーがセットされており、4種類のサンプルを4時間で約1000bp～決定することが可能です。シークエンス反応および精製は各講座で行って下さい。利用には別途利用料金がかかります。
遺伝子解析
リアルタイムPCR装置
StepOnePlus (Applied Biosystems)
遺伝子発現解析でcDNA等の微量DNAを定量する際に使用するリアルタイムPCR装置です。
TaqManプローブやSYBRGreenのケミストリに対応しています。ウィザードオプションを備えたソフトウェアのホーム画面からガイドに従いながら、プレートドキュメントの作成、サーマルサイクリング条件の設定、蛍光シグナルの検出などを行うことが出来るため操作は簡単です。
遺伝子解析
チップ電気泳動装置
BioAnalyzer (Agilent Technologies)
DNA・RNA・タンパク質を短時間の電気泳動で分離・検出することが出来ます｡
ガラスチップ上で試料の注入、染色、分離、検出等の分析工程を行うます。検出は蛍光をレーザーで読むため、少ないサンプル量で解析可能です。主にRNAの検定に使用しています。
遺伝子解析
サーマルサイクラー
PCR Thermal Cycler Dice (TaKaRa)
PCRやシーケンス反応で使用するサーマルサイクラーです。
サンプルブロックの左右の列で最大20℃12段階の温度勾配を設定することができるグラジエント機能が搭載されており、増幅の至適条件を短時間に決定することが出来ます。0.2ｍｌのチューブ、Micro PCR Tube（8連)が使えます。
遺伝子解析
エレクトロポレーター
ElectroSquarePorator T820 (BTX)
電気パルスによって細胞に遺伝子を導入する装置です。
この装置はパルスアナライザーが付属しておりパルスの波長・波形の設定も可能です。細胞のほか組織に直接遺伝子を導入する実験にも使用されています。
遺伝子解析
エレクトロポレーター
ElectroSquarePorator ECM395 (BTX)
電気パルスによって細胞に遺伝子を導入する装置です。
T820に比べて操作が単純で、主に大腸菌へのプラスミドの導入に使用しています。
質量分析
質量分析装置（TOF-MS）
4700 Proteomics Analyzer (Applied Biosystems)
未知の蛋白質やペプチドを同定する際に質量を分析する装置です。
既知の電界強度の電場にて加速されることで、電荷に比例した運動エネルギーを得、加速された荷電粒子が一定距離を飛行する時間を測定することで目的の試料の質量を求めることが出来ます。
この装置は医化学分野の所有です。
画像分析
イメージング装置
Image Quant LAS 4000 (GE Healthcare)
発光、蛍光、可視をCCDカメラで取り込み画像化装置です。
蛍光はSYBR Green・GFP・Cy2・Cy3・Cy5・EtBrに対応したフィルターがセットされています。また、ImageQuant 解析ソフトウェアを使うことで、バンドによる蛋白質・DNA量の相対比較、未知のバンドの分子量の測定、コロニーカウントなどが行うことが出来ます。
画像分析
RIイメージング装置
BAS2000 (富士フィルム)
アイソトープを使用したハイブリダイゼーションや抗原抗体反応を画像化する装置です。
従来のX線フィルムによるオートラジオグラフィーに比べ、IP（イメージングプレート）を使用することで一晩から数日掛かっていた露光を数十分から一晩程度に短縮することが出来ます。付属の解析ソフトウェアで分子量の測定や濃度の定量を行うことも可能です。
画像分析
ゲル撮影装置
Printgraph (ATTO)
アガロースゲル電気泳動でエチジウムブロマイド染色したバンドを撮影する装置です。
画像データはメモリーカードに保存して外部のコンピュータで開くことが可能です。また付属のフォトプリンターで画像をプリントアウトすることが出来ます。
プレートリーダー
マルチスペクトロマイクロプレートリーダー
Spectra Max Paradigm (Molecular Devices)
カートリッジを追加することで、機能を増やせるマイクロプレートリーダーです。
現在、TUNEとABS-MONOの２つのカートリッジが入っており、吸光・蛍光・時間分解・発光の四種類を測定することが出来ます。各波長は自由に設定することができ、スタンダードをあらかじめ入力することで自動的に検量線による濃度の算出を行います。
プレートリーダー
マルチスペクトロマイクロプレートリーダー
Varioskan Flash (Thermo)
マイクロプレートを用いて吸光・蛍光・時間分解・発光の測定を行うことができます。
吸光分光測定には6～384ウェルが、蛍光分光測定には6～1536ウェルのマイクロプレートの使用が可能です。さまざまなアッセイの設定ができ、データの計算及びレポートの作成を自動で行います。
プレートリーダー
発光用プレートリーダー
MICRO LUMAT LB96P (BERTHOLD)
96穴のマイクロプレートを使用して短時間に多量のサンプルの発光（ルミネッセンス）を測定することが出来ます。
主にルシフェラーゼ活性の測定などに使用してます。専用の蛍光検出用白色96穴プレート（例えば、Costar #3912) をご使用下さい。
光度計
ルミノメーター
GloMax 20/20n Luminometer (Promega)
生物発光の測定（ルシフェラーゼ定量、細胞増殖試験、酵素活性測定、その他）を行うことができます。
検出限界はルシフェラーゼ約700分子と高感度です。発光レベルの低いサンプルから高いサンプルまで測定することができます。
光度計
微量分光光度計
Nano Drop 2000C (Thermo)
1μlからの液量で吸光度を測定できる分光光度計です。
台座の上に試料を一滴のせのアームを下げると試料の柱ができ、台座が自動的に試料に最適な光路長となるように移動し測定を行います。少ないボリュームで測定できるため貴重な試料の濃度測定に最適です。
光度計
分光光度計
DU‐7500 (Beckman)
物質の紫外可視部の吸収スペクトラムの測定や酵素活性の測定に使用します。
微量セルを使用すれば50ulから測定でき、PCでデータ処理を行なうため差スペクトラムや微分スペクトラムなども得ることが可能です。紫外部の測定には石英セルを使用します。
蛋白質核酸分離精製
蛋白精製装置
ＢｉｏＣＡＤ 700Ｅ (PreSeptive Biosystems)
主にイオン交換クロマトグラフィーカラムを使用して蛋白質の精製を行います。
溶出の際の適性pHや塩濃度を機械が探し出してくれる為、条件検討が容易に出来ます。また、自動でピーク部分の液を採取する機能等があります。
試料抽出
細胞破砕装置
FURENCH ＰＲＥＳＳＵＲＥ ＣＥＬＬ ＰＲＥＳＳ (AMINCO)
タンパクを抽出する際の細胞の破砕に使用します。
試料を高圧に圧縮し急激に減圧することで細胞膜を破裂させます。超音波破砕機に比べ、熱等によるタンパクの変性や失活が少なく短時間で行うことが出来ます。
凍結乾燥機
凍結乾燥機
DURA-DRY (FTS Systems)
標本を乾燥させる際に使用します。
一度凍らせた試料を真空にして水分を昇華させて乾燥させるため、熱による劣化や収縮を抑えることが出来ます。
遠心機
超遠心機
CP６０E (日立)
分離用の超遠心機で、60,000rpmまで回すことが可能です。
こちらにはアングルローター・スィングローター・バーティカルローターの各種が揃っています。使用する前に試料の種類・容量・加速度をお知らせください。この装置は使用法を誤ると事故を起こす危険性があります。必ず担当者に使用法を習ってからご使用下さい。
遠心機
高速冷却遠心機
日立CR２１F (日立)
21,000rpmまで使用可能な冷却遠心機です。
300mlボトル用ローターや50ml・15mlのコニカルチューブ用ローター等がありますので、細菌や細胞の分離・濃縮に便利です。この装置は使用法を誤ると事故を起こす危険性があります。必ず担当者に使用法を習ってからご使用下さい。
遠心機
冷却遠心機
EX-126 (トミー精工)
マイクロプレートを回すことが出来る遠心機です。
マイクロプレート用スィングローターは脱落しやすいため、はじめてお使いなる際には必ず担当者に説明を受けてください。
遠心機
高速冷却微量遠心機
CT15RE (日立)
エッペンドルフチューブを15,000rpmまで回すことができる冷却機能のある遠心機です。
培養
安全キャビネット
BHC-1303ⅡA/B3 (AIR TECH)
病原性・伝播性のある細菌やウィルスの操作をする際に使用します。
入口がエアーカーテンになっていて中の空気が漏出しないようになっており、内部は無菌的に保たれていいます。
こちらの装置は細菌・ウィルス用です。
培養
クリーンベンチ
MCV-B161F (Panasonic)
試料を無菌的に操作する際に使用します。
上部にあるへパフィルターを通ったきれいな空気を正面へ送り出しており内部は無菌的に保たれています。
こちらの装置は細菌・ウィルス用です。
培養
安全キャビネット
BHC-1303ⅡB3 (AIR TECH)
病原性・伝播性のある細菌やウィルスの操作をする際に使用します。
入口がエアーカーテンになっていて中の空気が漏出しないようになっており、内部は無菌的に保たれています。
こちらの装置は細胞用です。
培養
クリーンベンチ
MCV-B161F (Panasonic)
試料を無菌的に操作する際に使用します。
上部にあるへパフィルターを通ったきれいな空気を正面へ送り出しており内部は無菌的に保たれています。
こちらの装置は細胞用です。
培養
振盪培養装置
Innova 4330 (NEW BRUNSWICK SCIENTIFIC)
大腸菌・酵母などのバクテリアの培養に使用します。
３ℓの大きな三角フラスコや各種培養用容器を定温で振盪しながら培養することが出来ます。冷却機能があるため室温以下での使用も可能です。
培養
高圧滅菌装置
Labo Autoclave (SANYO)
病原性・伝播性・遺伝子組み換えがある廃棄物の不活化や器具の滅菌などに使用するオートクレーブです。
その他
超純水装置
Advantage A10 (MILLIPORE)
実験で使用する超純水を製造する装置です。
その他
製氷機
製氷機 (HOSHIZAKI)
試料を冷やす際のクラッシュアイスを製造する装置です。
■遺伝子解析
- ・次世代シークエンサー
- MiSeq
- ・シーケンス解析用ソフトウェア
- Genomics Workbench
- ・DNAシークエンサー
- Genetic Analyzer 3130 Avant
- ・DNAシークエンサー
- Genetic Analyzer 3100 Avant
- ・リアルタイムPCR装置
- StepOnePlus
- ・チップ電気泳動装置
- BioAnalyzer
- ・サーマルサイクラー
- PCR Thermal Cycler Dice
- ・エレクトロポレーター
- ElectroSquarePorator T820
- ・エレクトロポレーター
- ElectroSquarePorator ECM395
- ・質量分析装置（TOF-MS）
- 4700 Proteomics Analyzer
- ・イメージング装置
- Image Quant LAS 4000
- ・RIイメージング装置
- BAS2000 (富士フィルム)
- ・ゲル撮影装置
- Printgraph
- ・マルチスペクトロマイクロプレートリーダー
- Spectra Max Paradigm
- ・マルチスペクトロマイクロプレートリーダー
- Varioskan Flash
- ・発光用プレートリーダー
- MICRO LUMAT LB96P
- ・ルミノメーター
- GloMax 20/20n Luminometer
- ・微量分光光度計
- Nano Drop 2000C
- ・分光光度計
- DU‐7500
- ・蛋白精製装置
- ＢｉｏＣＡＤ 700Ｅ
- ・細胞破砕装置
- FURENCH ＰＲＥＳＳＵＲＥ ＣＥＬＬ ＰＲＥＳＳ
- ・凍結乾燥機
- DURA-DRY
- ・超遠心機
- CP６０E
- ・高速冷却遠心機
- 日立CR２１F
- ・冷却遠心機
- EX-126
- ・高速冷却微量遠心機
- CT15RE
- ・安全キャビネット
- BHC-1303ⅡA/B3
- ・クリーンベンチ
- MCV-B161F
- ・安全キャビネット
- BHC-1303ⅡB3
- ・クリーンベンチ
- MCV-B161F (Panasonic)
- ・振盪培養装置
- Innova 4330
- ・高圧滅菌装置
- Labo Autoclave
- ・超純水装置
- Advantage A10
- ・製氷機
- 製氷機